伏立康唑是一种抗真菌药物，它有广谱特性，它主要通过抑制真菌细胞膜中麦角固醇的生物合成来实现杀菌作用，其作用机制包含对真菌细胞色素P450介导的14α -脱甲基酶进行特异性抑制，这一过程对真菌生存很关键。

伏立康唑的主要靶点是真菌CYP51酶，也就是羊毛甾醇14α - 脱甲基酶，此酶在麦角固醇合成途径中发挥关键作用，抑制其活性后，会使有毒的甲基化固醇前体不断积累，同时还会阻碍麦角固醇的合成过程，最终破坏真菌细胞膜的完整性及功能。

伏立康唑将真菌 CYP51 的血红素铁原子借助分子结构里的三唑环相结合，以竞争性方式抑制该酶催化活性，与同类药物比较，其对真菌 CYP51 展现出的亲和力明显高于人类细胞色素 P450 酶，正是这种选择性毒性让伏立康唑在临床应用中有较好安全性。

除CYP51外，伏立康唑对其他真菌酶系统影响相对小，其抗菌谱能覆盖念珠菌、曲霉菌等常见病原菌，然而对某些耐药菌株，其效果有一定限度，药物在体内代谢主要受肝脏CYP2C19酶影响，个体基因方面差异可能致使血药浓度发生变化。