美法仑最常见的不良反应是骨髓抑制，可导致白细胞和血小板减少。

　　高达30%的病人在口服常规剂量美法仑后，出现胃肠道不适，包括恶心和呕吐，使用常规剂量美法仑罕见胃炎发生，而接受高剂量静注美法仑有增加腹泻、呕吐和胃炎发生的可能。

　　有报道称使用环磷酰胺前驱治疗可降低美法仑诱导的胃肠道损伤。

　　偶有患者接受数月以上治疗，出现美法仑过敏反应，例如：荨麻疹、水肿、皮疹和过敏性休克，另有二例出现心脏停顿，但此副作用是否因美法仑引起仍未证实，斑丘疹和搔痒也偶有报道，曾有病例显示，在使用美法仑后，出现肺纤维化和出血性贫血，有脱发的报道，但不普遍。