消化系统：可能会出现口干、轻度恶心呕吐、腹痛腹胀、便秘或者腹泻。长期服用奥美拉唑有可能导致胃黏膜萎缩。还可能会导致胃部息肉等病变。
神经系统：可能会出现头晕、头痛、嗜睡、失眠等。长期服用可能会导致神经精神系统不良反应，如抑郁、易躁、精神错乱等。
内分泌系统：长期服用奥美拉唑可能会引起维生素B12的缺乏。
过敏反应：可能会出现皮疹、荨麻疹等过敏反应23。严重时可能会导致红细胞、血红蛋白，甚至白细胞降低。
肝肾功能损害：由于奥美拉唑会在肝中代谢，从肾脏中排出，所以可能会有肝肾损害的表现，也就是肝功能和肾功能的异常。
增加感染风险：奥美拉唑可能会导致胃酸的减少，从而增加胃肠道感染的风险。
影响钙的吸收：长期服用会影响身体对钙的吸收，导致骨骼营养不足，出现骨质疏松的现象。
药物相互作用：奥美拉唑可能与其他药物发生相互作用，影响其吸收、代谢或效果。