1.胃肠道反应：腹泻、恶心、呕吐和腹痛。

2.血液系统反应：中性粒细胞减少和贫血、血小板减少、骨髓抑制。

3.中枢神经系统反应:发热、头痛、失眠、外周神经障碍、感觉异常、癫痫、精神病、幻觉。

4.眼部反应:视网膜脱离。

5.其他不良反应:肾功能减退、其他局部或全身反应。
在动物试验中更昔洛韦有致癌性、致畸性，并导致无精子生成。